例えばこんなパーツ部分（フッター）。フッターに並ぶボタンは「画面によって、変化させたい」事がほとんどです。
ButtonAdd、ButtonCopyAdd、ButtonSettings はこの画面には表示しますが、他の画面には表示されると困るボタン。当然 prefab には含めたくないわけですが…。
Apply All を押すと prefab に３つのボタンも含まれてしまい、他の画面までボタンが表示されてしまいます。
ボタンは含みたくない、でも prefab は更新したい。そんな時…。
実は更新する GameObject のみ選ぶことが可能です。
オブジェクトを選んだ場合、ボタンが Apply All ではなく Apply Selected に変化します。
知らずにずっと苦労してた！
unity2019 で確認しましたが、それ以前から出来たのかもしれません。（単に私が知らなかっただけ…）
