

例えばこんなパーツ部分(フッター)。フッターに並ぶボタンは「画面によって、変化させたい」事がほとんどです。

ButtonAdd、ButtonCopyAdd、ButtonSettings はこの画面には表示しますが、他の画面には表示されると困るボタン。当然 prefab には含めたくないわけですが…。

Apply All を押すと prefab に3つのボタンも含まれてしまい、他の画面までボタンが表示されてしまいます。
ボタンは含みたくない、でも prefab は更新したい。そんな時…。

実は更新する GameObject のみ選ぶことが可能です。
オブジェクトを選んだ場合、ボタンが Apply All ではなく Apply Selected に変化します。
知らずにずっと苦労してた!
unity2019 で確認しましたが、それ以前から出来たのかもしれません。(単に私が知らなかっただけ…)